De siste fire episodene av The Clone Wars finner sted samtidig med Revenge of the Sith, den siste filmen i Star Wars-prequel-trilogien. Dette inkluderer ordre 66 og Jedi-ordenens fall.
Et ukjent aspekt ved Star Wars var hvordan fanfavoritten Ahsoka Tano overlevde Order 66. De to siste episodene av serien viser hvordan Ahsoka rømte.
Shattered
I den niende og tiende episoden av sesongen satte Darth Maul en felle som hadde til hensikt å drepe Anakin Skywalker før Darth Sidious kunne snu ham til den mørke siden. Anakin var imidlertid opptatt med å redde kansler Palpatine fra General Grievous som avbildet i åpningssekvensen til Revenge of the Sith. Så Ahsoka konfronterte Maul i stedet. Den tiende episoden avsluttes med Mauls fangst.
Serieshowløper Dave Filoni sa til Entertainment Weekly, "Noe jeg har ønsket å gjøre lenge er å få slutten på Clone Wars til å være denne sammenfallende historien som rammer inn hvor noen av disse menneskene som ikke var med filmene er. Fordi jeg tror det alene er et gyldig spørsmål: Hvor var disse gutta? Ahsoka virket som hun var viktig, så ble hun invitert til å bli med i Sith? Hvor var Rex? Jeg følte at det trengte et svar fordi de var, etter så mange episoder og historier, åpenbart en så stor del av Anakin og Obi-Wans liv."
I den ellevte episoden, med tittelen "Shattered", prøver Ahsoka å bringe Maul til Coruscant med en klonesjef ved navn Rex og en bataljon av klonesoldater. Flere lenker til Revenge of the Sith forekommer. En scene fra filmen gjenskapes; i scenen diskuterer Mace Windu og Yoda Palpatine og fjerne ham fra vervet etter general Grievous' nederlag med andre Jedi-rådsmedlemmer. Scenen utvides med en følgende diskusjon med Ahsoka.
Mens de fortsatt er på reise i verdensrommet, merker Ahsoka og Maul begge fallet til Ahsokas tidligere mester. Selve dialogopptaket fra Revenge of the Sith med Hayden Christensen, Samuel L. Jackson og Ian McDiarmid som deres respektive karakterer som spiller over scenen.
Etter Anakins tur aktiverer Sidious ordre 66. Inhibitor-brikker ble plassert i hver klonesoldat. Når ordre 66 blir erklært, blir de tvunget til å drepe hver jedi mot sin egen vilje. Når ordren er gitt, angriper Rex og klonene hans Ahsoka.
Seier og død
Med Rex sin frie vilje gjenopprettet, prøver de to å unnslippe Republic Cruiser i seriefinalen med tittelen "Victory and Death." Dette gjøres mer komplisert av Maul som ødelegger skipets hyperdrift. Dette gjør cruiseren ganske ubrukelig ettersom den trekkes av tyngdekraften til en måne.
Når cruiseren går mot månens overflate, rømmer Maul ved hjelp av en skyttel, antagelig til Outer Rim, hvor han blir kjent som Crimson Dawn, sett i Solo: A Star Wars Story.
Rex og Ahsoka bruker en Y-Wing for å lande trygt på overflaten av månen mens krysseren krasjer og dreper alle klonene ombord. De to begraver sine falne kamerater og Ahsoka etterlater lyssabelen hennes ved graven.
Episoden avsluttes med at en bataljon stormtropper kartlegger ulykkesstedet som nå er dekket av snø. Darth Vader er med dem. Vader finner Ahsokas lyssabel; den han hadde gitt henne i "Old Friends Not Forgotten", den niende episoden av siste sesong.
Filoni sa til ABC News, "Jeg håper fansen drar fra ett nivå veldig fornøyde, og jeg håper de drar med en større forståelse, spesielt for Jedi og styrken og hva det hele betyr i denne historien. Det handler egentlig om tegn til slutt."
After the Clone Wars
Ahsokas historie fortsetter etter serien. Romanen Ahsoka, skrevet av E. K. Johnston, følger Ahsokas reise ett år etter ordre 66 og forteller hvordan hun møtte Bail Organa, Leias adopterte far, og ble med i opprøret.
Ahsoka dukker opp i de to første sesongene av Star Wars Rebels som finner sted 14 år etter The Clone Wars som opprørsagent. I løpet av den andre sesongen oppdager Ahsoka sannheten om at hennes tidligere mester, Anakin Skywalker, er Darth Vader. De to slåss og Ahsokas skjebne ble tvetydig. I sesong fire ble det imidlertid avslørt at Ahsoka ble reddet av Ezra, hovedpersonen i serien. Ahsoka lever for å se slutten på imperiet.
Ahsoka hadde en stemmekomo i The Rise of Skywalker og det ryktes at den skal vises i andre sesong av The Mandalorian.
